Otišao je pomoći ranjeniku i nije se vratio: Fra Rafin sat stao je u 17:27

Učini da uvijek iskreno želim biti nepoznat i da me se drži ni za što!, stoji u bilježnici fra Rafinih duhovnih zapisa pronađenih u arhivu Franjevačkoga samostana u Makarskoj. 

Skupljajući gradivo po samostanima Provincije Presvetoga Otkupitelja, fra Petar Bezina odlučio je zanemariti njegovu uputu i predočiti njegove duhovne bilješke javnosti. "Svetac i mučenik Božji", govorili su mnogi o fra Rafi Kaliniću, hrvatskome svećeniku i franjevcu rodom iz Prugova pokraj Klisa.

Bio je jednostavan, nezamjetan, krepostan i strpljiv, provodeći mnogo vremena u molitvi. I fra Ante Antić, magistar fra Rafe na bogosloviji u Makarskoj, potvrdio je njegov krepostan redovnički život. Obnašajući poslije nastavničku službu u Franjevačkoj klasičnoj gimnaziji u Sinju, fra Rafo je satima znao ispovijedati, iako to nije bila njegova glavna dužnost.

Nakon kapitulacije Italije njemačka vojska brzo je pokrenula operacije zauzimanja područja u Dalmaciji. U rujnu 1943. u Sinj je stigla zloglasna nacistička SS divizija "Prinz Eugen". 

Sa zvonika crkve Gospe Sinjske mogla se vidjeti svjetlost razornih eksplozija i plamen koji je gutao obližnja sela pod njemačkim bombardiranjem. Na samostanska vrata 24. rujna 1943., u jutarnjim satima pokucale su mještanke iz sela Brnaze i zatražile bolesničko pomazanje za teško ranjenog partizana Stjepana Čarića.

Gvardijan je na fra Rafinu molbu nevoljko dopustio njegov odlazak, osjećajući da ga šalje u pogibelj. No fra Rafo se netom u redovničkom habitu, noseći sveto ulje i svetu pričest u torbi, uputio k Čarićima te uspio ostati oko sat vremena uz umirućega.

Na povratku prema Sinju pored Malbašinih kuća iznenada ga je zaustavio njemački podoficir, zatražio propusnicu i naredio da isprazni sve džepove. Otimajući mu iz ruku svete predmete za pomazanje, bacao ih je na pod i gazio. O tome što se poslije točno dogodilo postoje različite inačice.

Prema jednoj je fra Rafo živ bačen u zapaljenu kuću, a prema drugoj je prvo ubijen pa bačen u prizemlje kuće i zapaljen.

Vrijeme njegove smrti, u 17:27 toga petka, ostalo je zabilježeno na njegovu džepnom satu, koji je uz posmrtne ostatke pronašao gvardijan na zgarištu nekoliko dana poslije. Fra Rafine bilješke iz toga razdoblja danas izgledaju kao njegov duhovni testament: Savršenost leži u ljubavi. Mi smo uz Boga mjesec i zvijezde, a bez njega – tama.